GVasp 运行环境设置

GVasp 默认运行环境

默认环境可以通过下述命令进行修改：

gvasp -l/--list

初始环境为：

------------------------------------Configure Information---------------------------------
! ConfigDir:      /mnt/c/Users/hui_zhou/Desktop/packages/gvasp/gvasp
! INCAR-template: /mnt/c/Users/hui_zhou/Desktop/packages/gvasp/gvasp/INCAR
! UValue:         /mnt/c/Users/hui_zhou/Desktop/packages/gvasp/gvasp/UValue.yaml
! scheduler:      slurm
! PotDir:         /mnt/c/Users/hui_zhou/Desktop/packages/gvasp/gvasp/pot
! LogDir:         /mnt/c/Users/hui_zhou/Desktop/packages/gvasp/gvasp/logs
------------------------------------------------------------------------------------------

ConfigDir: 代表存放 INCAR (template), UValue.yaml 和 pot 的目录
scheduler: 代表任务调度系统，目前仅支持 slurm（但是你可以指定一个 .submit 文件进行修改，详情看这里）
LogDir: 代表存放日志文件的目录
INCAR: 用于 submit 任务的 INCAR 模板文件，默认参数可见 INCAR
UValue.yaml: 定义元素的 U 值，参考格式 UValue.yaml
pot: 存放各种元素 POTCAR 的目录（自行准备，不提供）

pot 目录结构如下：

pot
├── PAW_LDA
├── PAW_PBE
├── PAW_PW91
├── USPP_LDA
├── USPP_PW91
└── vdw_kernel.bindat

重要

INCAR, UValue.yaml, pot 不应该被重命名

修改默认环境

如果你不喜欢默认的环境设置，可以通过指定一个 config.json 文件来进行修改，格式如下：

{
  "config_dir": "/your_directory_to_three_mentioned_files",
  "potdir": "/your_pot_directory",
  "logdir": "/your_logs_directory"
}

然后运行下述命令

gvasp config -f config.json

之后环境就会被重置， GVasp 会自动在 config_dir 指定的目录下面定位 INCAR 和 UValue.yaml .

用户模板

现在，用户可以按照下述步骤定义自己的 INCAR, UValue.yaml 或者 submit.script 模板文件：

将 INCAR, UValue.yaml 或 submit.script 模板文件分别重命名为 *.incar, *.uvalue 和 *.submit
将他们放在当前的工作目录或者上级目录或者更上级目录，以此类推

例如，如果你想在 /public1/home/sc81076/hzhou/M-CeO2/test 目录下面提交一个任务，那么 INCAR, UValue.yaml 和/或 submit.script 模板文件放在以下目录都可：

/public1/home/sc81076/hzhou/M-CeO2/test
/public1/home/sc81076/hzhou/M-CeO2
/public1/home/sc81076/hzhou/
/public1/home/sc81076/
/public1/home/
/public1/
/

执行完这两步之后，GVasp 就会按照提供的模板产生输入文件。

备注

如果你在上述目录中同时存在两个或更多的同种模板文件，GVasp 会选择离工作目录最近的模板作为最终的输入参考。