结构对齐

如果你使用 GVasp 来生成 NEB 所需的输入，首先要做的是结构对齐，因为原子的位置在初态和末态可能不是一一对应的。

命令十分简单，如下所示：

gvasp sort --ini_poscar INI_POSCAR --fni_poscar FNI_POSCAR

备注

INI_POSCAR 和 FNI_POSCAR 是用户提供的初态和末态结构文件。

然后， GVasp 会自动生成带有后缀 _sort 的两个 POSCAR 文件。

备注

为了检查对其是否成功，你可以可视化 NEB images 的结构进行查看（设置 -p/--pos=POSCAR），更多细节可以看 这里。